1923年10月，毕业于美国哈佛大学的宋子文来到广州。他是孙文夫人宋庆龄的弟弟，他南下所肩负的主要责任是整顿广东财政。在他的建议下，政府采取了一系列广开税源的措施。对工商界来说，不啻百上加斤，他们除了要应付政府的捐税之外，还得应付各地驻军强征的捐税。据阳江小北江一带商民投诉，从连阳县到连江口各站，除正式完税之后，无论大小出入口货船、空船，每到一埠，每船交的保护费，多则六七十元，少则三四十元。商民处此，应付几于无法。
宋子文强烈反对军队参与征税。大本营一再严令撤销所有由军队把持的重抽机关。宋子文甚至组织了一支高效率的私人武装来保护政府的正常税收。
这样一来，他两头得罪，既得罪地方军阀，又得罪地方商人。但导致商人和政府对抗的原因，至为复杂，不仅仅是宋子文的财政措施。这些商人本来大部分是孙文的支持者，现在因为联俄容共政策而分道扬镳。
普通商人参加反政府活动，多半是出于担心共产。在他们心目中，共产总是和没收财产、共妻这些恐怖的字眼连在一起。虽然孙文在各种场合一再强调共产制度绝不适合中国，但人们对他身边忽然来了那么多俄国人感到忧心忡忡。
广东商团出现于清末民初，他们与革命党的关系一直良好，在辛亥革命前后，发挥颇为积极的作用。商团初期“纯为保护商场和资本家的生命财产，属于自卫性质”，并没有政治色彩。《工商界老人回忆商团事变》。《广州文史资料》第七辑。1924年5月，广东商团设立全省联防总机关。由广东商团总团长陈廉伯担任全省商团联防总长，佛山商团团长陈恭绶为副长。陈廉伯由于卖力地“提倡国货”、“关心社会公益”，而名声鹊起，成为商民拥戴和信赖的商人领袖。
当商民与政府的关系变得紧张时，商团的政治色彩，便愈来愈浓了。
商团和政府的冲突，是由购买军火问题引起的。当时，蒋介石担任校长的黄埔军校刚刚开学，因为武器奇缺，大部分学员都是手无寸铁。8月，商团向香港南利洋行订购的枪械运抵广州时，孙文下令海关截留，全部军火起存黄埔军校。
陈廉伯向内政部说明，这批军火，是事先呈奉军政部核准发给务字53号护照，准予分饬沿途关卡查验放行，请大元帅令行粤海关监督，转知税务司，随时准予商团起卸。但内政部的答复很简单，只有11个字：“奉大元帅令撤销前发护照。”双方的冲突，乃由里而表，全面激化了。
陈廉伯宣布辞职。商团代表云集河南福军司令部，请李福林为他们作主。李是广东有名的绿林好汉，现为民团统率长，实际是土匪统率长。李福林支吾其词，而与此同时，政府却下令通缉陈廉伯，并查封他的住宅。省长廖仲恺主张对商团严厉镇压，这意味着官商决裂。在他身旁出谋划策的是鲍罗廷。胡汉民希望不要走到这一步，他劝孙文采取和平方式解决这次危机。
胡汉民派南海县长李宝祥到商团公所，请商团派代表到大本营磋商调停扣械案的办法。商团派出三名代表到大本营，胡汉民亲自接见他们，提出两项解决办法：一、商团补办购械手续，每支枪定价160元，除已缴付陈廉伯的100元外，再补交60元；二、联防总部应停止活动，商团必须受政府指挥监督。
代表们表示需要和同人商量后，才能答复。而他们商量的结果认为，接受政府指挥监督一条，绝不能接受。
对抗面临升级的危险。
孙文又派代表到商团宣示政府意见。但商团仍然不肯让步。8月20日，商团还在西关宣布戒严，晚上9时30分便将闸口关闭。21日，联防总部迁往佛山，同时下令在全省范围内实行总罢市。当天由佛山首先发难，所有商店一律上板关门。到了25日，广州也加入了罢市。
一场惊天动地的官民大战开始了。
孙文赫然震怒，强硬地警告商团：“若果明日（27日）仍不复业，我当派遣大队军队，拆毁西关街闸，强制商店开市；如有一泥一石伤及军队，我即开炮轰西关，使之变成泥粉。所可怜者，无知商民同受波累耳。”《华字日报》1924年8月29日。其草莽英雄的豪气，溢于言表。
8月29日，英国总领事致函广州交涉员，声称如果政府炮轰西关，英国炮舰也将炮轰大元帅府作为报复。但孙文从来不向恫吓屈服，9月4日，他在报纸上发表激烈的反英宣言。一位政府官员说，这是一场“胜则无民，败则无兵”的战争——政府赢则失民心，输则失军心——但孙文决不能无兵，因为他还要用武力统一中国。这位革命冒险家再次显示出“虽千万人吾往矣”的气概，义无反顾，决以革命铁腕，犁庭扫穴。
9月12日，孙文率领部分军队出师北伐。他在这个时候离开广州是非常奇怪的。后方岌岌可危，已到了千钧一发之际，任何人都看出这不是出兵北伐的适当时机，但孙文仍匆匆启程，使人觉得他好像急于离开这个令他愤怒和失望的地方。
然而，值得注意的是，蒋介石这位新崛起的军事领袖并没有随孙文出师北伐，他仍留在广州东郊的黄埔岛上。
15日，陈廉伯通电拥护政府，但无表示悔过。孙文下令赦免陈廉伯，但不发还军械。商团扬言要进行第二次罢市。省议会部分议员呼吁陈炯明出兵靖乱。
蒋介石为黄埔军校题写的校训
孙文三番四次从韶关给蒋介石拍电报，叫把军校迁移往韶关，以全力孤注一掷于北伐大业。但蒋介石坚拒，表示决不会离开黄埔。他的动机和当年陈炯明如出一辙：广东不稳，北伐将徒劳无功。
一向主张强硬手段的廖仲恺，被迫辞职，由胡汉民接任省长职务，胡一直主张和平解决纠纷，和商团的关系较好。鉴于省城军队多数同情商团，胡汉民建议先发还部分枪械。孙文考虑再三，同意发还5000支枪械给商团。
商团以为政府开始让步，态度转趋激烈。10月4日，全省188埠商团代表在佛山开会，向政府提出以下要求：将政府设立的苛捐杂税，一律取消，并裁撤其机关，永不得复抽；将政府强行投变的官产、市产、民产、庙堂一律发还；将政府扣留变卖的大小商船，一律发还；将商团枪械全部发还，不得少见一枪一弹；恢复全省人民自治机关。随后，广州开始第二次总罢市，西关街闸再度关闭。
这次商团的算盘打错了。政府的稍微让步，往往意味着大规模的反击即将开始。
当天，广州民众举行国庆游行，在太平路和商团发生冲突，商团在混乱中开枪射击，当场击毙十几人。次日，商团声称发还枪械不足半数，拒绝开市。并提出无条件发还枪械、废除苛捐杂税、造币厂改由商办、以商团军代替警察维持秩序、孙文下野等要求。
这正是政府所希望听到的，现在他们有理由镇压了。
孙文电报指示，“商团叛形既露”，应由李福林宣布其罪状，令各地民团“协助防乱，毋为所惑”。政府中的苏联顾问和共产党人都坚决支持镇压。蒋介石和苏联顾问在黄埔军校成立革命委员会，接管省政府。革命委员会的成员由孙文圈定，包括许崇智、蒋介石、汪精卫、廖仲恺、陈友仁和谭平山六人，孙文自任会长。
13日凌晨，由吴铁城率领的1500名警卫军，乘坐20辆铁甲车，浩浩荡荡向省城挺进；吴铁城宣布就任广州市公安局长。粤军第一师师长李济深和留在省城的滇桂军都赞成用武力解决了。
10月14日，胡汉民以大本营总参议的身份代理革命委员会会长，下令解散商团。警卫军、工团军、农民自卫军、飞机队、甲车队、兵工厂卫队、陆军讲武学校、滇军干部学校，统归蒋介石指挥。
镇压开始了。10月15日清晨4时，枪声骤起，火光烛天，隆隆炮声，震撼全城。手持各种轻重型武器的军队，一路开枪扫射，一路攻入西关。商团军根本不是军队对手，一触即溃，四散逃窜。福军本来就是绿林出身，发起神威，在广州商业最繁华地带，大肆焚掠。理发工人在军队掩护下，用煤油在西关四处放火。熊熊火光，标志着军队推进的位置。广州商业最繁荣的桨栏路、杨巷、西堤二马路、十七甫、第四甫、上九甫、太平路、龙津路一带，转眼间化作瓦砾废墟。
在反抗清朝的漫长革命中，广东商人和孙中山一直保持着密切而良好的关系。他们和政府决裂的原因，至为复杂。主要得归咎于政府的腐败无能、对商民只知道豪夺巧取，以致于激起民愤，被一部分想把持政局的政客商人所利用。
从孙文下决心扫平商团势力，甚至不惜炮轰西关，使之毁于一旦的时候起，他对南方已不存什么希望了。当初粤军在省城谋叛，孙文从韶关赶回广州坐镇；而这次商团起事，他却匆匆离开广州前去韶关，这本身就很耐人寻味。
在激烈动荡的大时代，群雄岳峙，人怀问鼎。南方政府的威信，空前低落。不仅商人们背弃政府，甚至连工人、农民，一旦被政治家鼓动起来，也不把政府放在眼内。以反叛起家的国民党，现在处处面临着反叛。
1925年初，孙文似乎感到自己的身体状况正在急剧恶化，他已经没有时间和精力再领兵北伐了，统一中国的梦想正在渐渐地离他远去。对于一个理想主义者来说，没有什么比这更为痛苦了。
孙文宣布他要北上和处于四分五裂的北方政府“共筹统一建设的方略”。南北和谈的条件，现在并不比1919年更为成熟，当时北方总统尚可驾驭北方大部分省份，现在几乎号令不出都门。但1919年孙文坚决反对和谈，而现在却执意北上。他甚至斩钉截铁地表示：不论成败，决不再回广东。
有人劝孙文打消北上的念头，因为那样等于承认了军阀及其背后的帝国主义有左右中国革命势力的权威。他们建议国民党自行在广州召集人民的和平会议。共产党的工运领袖和宣传家蔡和森断言：“中山先生现在若上午入北京，我可断定他在革命上的信用下午便要破产。”蔡和森《北京政变与国民党》。《蔡和森文集》，人民出版社，1980年版。
但孙文的上海之行不改，蔡和森继而又以惋惜的语气问，先生干吗要忙着入京做军阀的高等俘虏呢？“我们希望中山先生留在上海相当时期，造成全国的舆论及民众的后援，才有可能进而制胜军阀，退而扩大宣传。”蔡和森《欢迎孙中山先生离粤来沪》。《蔡和森文集》，人民出版社，1980年版。
孙文没有采纳他们的建议。他这次北上的动机，没有人猜得透。
11月13日，孙文启程了。这是他一生中第几次北上呢？他的理想比民国元年北上和袁世凯见面时更前进了一步吗？
途经日本时，孙文再一次——也是最后一次——向人们讲解中国的南北问题，这是中国近代政治、经济、文化的症结所在。孙文说：
“中国在满清的时代，南北是统一的，只有一个政府。但是另外还有主人，要听外国人的话，对于本国的人民，就是杀人放火，也是要做。像这样的政府，虽然在名义上是统一，但是在事实是，对于南方人民，只有害而无利，又何贵乎有这种统一政府！假若在满清的时候，中国政府不是统一，北京政府的压力不能达到南方，以南方的强悍，专就香港而言，便不致失去那些领土。”
如果北方政府是一个昏庸无能的政府，那么，分裂比统一更好。孙文当年放弃总统的职位，南下护国、护法，就是基于这种信念。人们发现他的信念并无改变。
记者问及孙文，这次北上是不是准备做大总统，他说：“南北是不是统一，就在北方政府能不能赞成我们南方的主张，废除不平等的条约，争回主人的地位，从此以后，再不听外国人的话，来残害南方的人民。如果这一层做不到，南方人民还是因为北方政府怕外国人的关系，间接还是受外国人的害，南北又何必调和？何必统一？我又怎么情愿去执政权？”孙文《与门司新闻记者的谈话》。《孙中山全集》（第十一卷），中华书局，1981年版。
他扶病入京后，没有和政府举行任何形式的和平谈判。最后，在病危之际，他对身边的人说：“我这次放弃两广北上，实为和平统一而来；我所主张的统一方法，就是开国民会议，实行三民主义、五权宪法。现在为病所累，未竟全功，不无遗憾。希望诸位同志努力奋斗，使国民会议早日开成，达到实现三民主义、五权宪法的目的，那我死也瞑目了。”罗家伦主编《国父年谱》，台湾，中国国民党党史会，1985年版。