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5月29日，日本近卫师团避开台湾防守严密的基隆、淡水等地，并炮击金包里附近海岸，造成将要登陆的假象，突然袭击了位于基隆东北的偏僻渔村澳底。澳底附近只有清军两营人马，而且大多是唐景崧刚刚从广东招募不久的“广勇”，根本没有经过什么训练，双方刚一接触，清军立即溃散，日军在澳底顺利登陆。
随即日军即越过三貂岭，直扑基隆侧后。
经过日军海陆军数日围攻，6月3日，防卫严密的基隆要塞随即失陷，日军转而向台北北部的狮球岭进攻。
林朝栋闻听台北告急，立即率栋军五营前往增援。
6月4日，清军溃兵逃入台北，唐景崧等人逃往淡水，清军溃兵将藩库抢劫一空，随后在街头任意劫掠，并纵火烧毁藩库和总统府衙。
6日，唐景崧等人乘外轮逃往厦门，9日，丘逢甲下令解散台勇，匆忙内渡广东，刚刚成立的台湾民主国主要官员一逃而空。
台北数日内即告失守，形势急转直下。
林朝栋带兵行至新竹，即接到台北失守的消息，感到大势已去，不禁仰天长叹：“吾尽力守台，朝廷未必容我，若拼死奋勇杀敌，倭人必视我族人如仇寇，何必如此！”遂给属下支付了所带饷银，后连夜带着一营亲兵乘船返回厦门。
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三、张謇（）
由于乙未战争的原因，作为世界樟脑主产地的台湾生产几乎停止，造成樟脑价格的暴涨，原本在台湾一担只卖十六两白银的樟脑在香港市场上涨到了一百四十多两，到了九月初，林铄将手中囤积的三万多担樟脑处理完之后，台湾的形势已经一发不可收拾。
虽然自己手中的资产暴增到了四百多万两白银，可是林铄并不觉得怎么开心，彰化沦陷的消息还是让他觉得十分失落。
此时正好原来台湾按察使陈仅如从台湾内渡时将隶属台湾商务局“驾时”、“斯美”等四艘轮船驶回厦门，林朝栋出面，从陈季同手上暂借了两艘客轮，其后又在厦门的德国宝记洋行雇了两艘轮船，这些商船挂着德国国旗赶到梧栖，从台湾陆续接回了大约7000多名愿随林家内渡的义勇。日本人也默许了林家的行动，对他们来说少一些乱民对他们维持台湾的统治很有好处，当然前提是得交出手上的武器。
但这些人的安置成了大问题，林朝栋找到了赋闲在家的刘铭传，重病之中的刘铭传写了封信请已经回任两江的刘坤一加以照顾。在刘坤一的支持下，栋军得以重建，编制为五营，其余数千被裁汰人员刘坤一特准林家在两江购置山林荒地进行垦植。
光绪二十三年二月，两江总督刘坤一在南京总督署衙西花厅内召见从台湾撤回的栋军统领林朝栋。
“请坐！”在林朝栋行过礼后，刘坤一说道，由于腿脚不好，他斜靠在一张长榻上面，其长子刘能纪则侍立在身后。
“是！”林朝栋后退一步，依旧恭敬地站在那，他也从来没见过大过巡抚的官儿，老头子很客气，这反而让他觉得有点手足无措。
“坐下来才好多说会儿话，你是省三临终前托付过来的，今后也算是老夫的人，不必这么拘束！”刘坤一拿着一根竹筒做的水烟杆咕噜噜地吸了两口，随后说道。
“是！”林朝栋这才小心地坐在一旁一张红木太师椅角上。
“什么时候来的？”刘坤一问道。
“下官正在合肥为壮肃公守制，接到大人的信就连夜赶来，上午刚到，直接就到院上来了。”林朝栋答道，在家养病的台湾首任巡抚刘铭传听到台湾被割让，气火攻心，不想竟然就此病故，刘氏对林家有大恩，林朝栋最近一直在合肥刘家帮忙料理后事。
“唉，省三一辈子心血一半用在了台湾建设，对于割台一事自是痛心疾首，不料就此仙去，却是死都不能瞑目。”刘坤一叹息道，“今后你若有什么难处，尽管来找老夫。”
“一切全凭大人吩咐！”林朝栋说道。
刘坤一点了点头，“我这次叫你来，是有件要紧的事想交给你去办。”脸色变得郑重起来，“甲午一役，朝廷花费巨资建立起来的北洋水师尽丧，加之辽东和胶东陆地上也接连吃了败仗，李合肥与日本人签订了马关条约，不光失去了朝鲜、辽东和台湾，还要赔偿给日本人二万万两白银。老夫是极力反对在这个和约上签字的，二万万两白银，嘿，都够买一百条定、镇那样的大舰了，有这些钱，不如跟日本人继续打下去。”刘坤一说到这里顿了一下，“如今各约都已经签啦，说这些都已经没什么用。朝廷把这些赔款分摊到两江头上最多，加上今年又增加了三千万两的‘赎辽费’，今年摊到两江的费用加起来足有一千三百万两白银。这些钱哪里来？只能想法整顿各地的厘金、盐课和捐税，不能象过去那样敷衍，才可能凑足这些摊派下来的款额。”。
“下官有什么效劳的地方，大人尽管说。”林朝栋心里嘀咕，自己刚向朝廷捐了二十万两银子，这才保住了林家和栋军如今的地位，刘大人该不会又让自己捐钱罢？
只见刘坤一端起茶杯喝了口茶继续说道：“这江南税赋，以两淮的盐税为一大宗收入，如今私盐泛滥，财税流失极多，如今各处巡防营都不中用，或与盐商勾结，或是军纪涣散，堂堂官兵居然常常在盐枭手上连吃败仗，任由其横行不法。”现下的情形让刘坤一不住摇头，大清国原来所依恃的八旗及汉军绿营早就不堪大用，后来称之为劲旅的湘、淮军各练营也迅速腐化堕落，如今也变得和那些八旗老爷兵差不多，满朝上下，居然没有多少可用之兵。“我派人查验了一下，这栋军各营兵员也足额，训练也很好，荫堂可谓是良将，难怪省三在世时不住夸奖。”
“大人过奖！”
“没什么过奖不过奖。”刘坤一摆了摆手，示意林朝栋继续坐下，“老夫准备大力整饬盐务，要调栋军稽查私盐，打击这些盐枭的气焰，你去做扬州城守备。荫堂，你还要帮老夫这个忙。”
荫堂是林朝栋的字，刘坤一这么称呼他表示把他当成自己人，而且还说到“帮忙”，林朝栋不能推辞，虽然知道此事艰难，也只能硬着头皮应承下来，“下官遵命便是！”林朝栋站起身来抱拳说道。
食盐是人们生活的必需品，盐税实际上相当于人头税，自汉代以后就成为历代封建王朝主要的财政收入之一。历朝以来盐课都甚为沉重，倘若有人逃漏盐税，贩卖私盐，之间利润极大，就如后世制贩假烟一般。
贩卖私盐历朝都是重罪，属于提着脑袋干的营生，但其间巨额的利润，依然吸引着为数众多的亡命之徒参与其中。这些私盐贩子成群结伙，走私贩盐，偷逃盐税，却是屡禁不绝。各地盐枭都人数众多，个个凶悍至极，大多时候以武力对抗官府，遇到大队官兵围剿时便分散逃亡。
这些盐枭时聚时散，其中很多人还是朝廷任命的大盐商，与官府相互勾结，自洪杨之乱后，朝廷控制力日衰，各地官员更是贪墨不法，私盐泛滥也更为厉害。
由于甲午战争后给日本两亿三千多万两白银的赔款，各地方财政压力骤增，新栋军被刘坤一安排分另驻扎在苏北缉查私盐。这个年代大多数盐枭贩卖私盐都是通过水路，栋军中又分出一部分人马重新组建了两营水师。
林朝栋在离台后心灰意冷，大部分时间呆在厦门，只是为了原来手下一帮兄弟的生计着想，这才挂名栋军统领一职，实际上已经不太管营中事务。至于两江总督要求组建水师营一事，全部交由林铄全权打理。
栋军水师营设在了海门的崇海镇附近，林铄从栋军中抽调了一营人马，另外又从离台的乡民中征召了300多名十六、七岁的少年参加军事训练，为了将这些人变为自己的亲信，林铄决定亲自负责水师的指挥和训练。
崇海本来有一个很小和木质渔码头，另外还有一些修造渔船的私人作坊，林铄在确定了水师营的地址后就将这个小渔港买了下来，随即对码头进行了大规模的扩建，附带着还建了一个简易的修造船厂，当然这家造船厂只能修造一些小型的木质渔船，至于用蒸汽机作动力的轮船，那却是只能想想而已。。
转眼就到了光绪二十四年秋天。
秋风秋雨，人更愁。
出了总理各国事务衙门的大门，张元济忍不住长吁了一口气。
自戊戌政变的消息传出来后，他就没安心睡过一宿觉。满大街都是朝廷派出的兵勇在搜捕康有为、梁启超等人，许多参与维新的官员都被捉了起来，接着就传来谭嗣同、杨锐等六君子罹难的消息，一时间京城但凡参与了维新的官员心里都十分恐慌。
张元济也知道凶吉难卜，总归自己名列新党，与皇上推动变法有洗脱不去的干系。不过他并没有选择逃亡，仍照常到署值班，静候逮捕。
还了，重掌朝政的慈禧在盛怒之下杀了谭嗣同等人后，没有再大开杀戒，只是判徐致靖永远监禁，将张荫恒流放的新疆外，其余新党分子只是下旨革职永不叙用。
这样，怀着辛酸与庆幸的心情，张元济结束了自己的京官生涯，带着家眷一起离职南下，从天津乘船前往上海。
在船上，张元济遇到了甲午科的状元，南通人张謇。
张謇当上瀚林后，觉得在京做官不能施展自己的抱负，反而离职回乡办起了实业。此次上京销假，没想到正赶上戊戌政变，愈发绝了仕途的念头。
两位进士出身，又都有一腔报国之必，却失意官场，言语之间话正投机，相谈甚欢，大有相知恨晚之意。
轮船行了大半日，傍晚时分，正经过威海附近海面。
“黄海碧波恨满天，刘公岛外夕阳残；跨海东征知何日，邓公像前意黯然。”
两位正在甲板上闲谈，却见一旁不远处一位年青人，手扶栏杆，望着海面上刘公岛方向，满脸萧瑟之意。
张謇是大才，见这青年穿件淡蓝湖绉长衫，外罩绛紫缎面马褂，头顶一黑绸汪帽，上坠一块碧绿的闪玉帽饰，一看就是哪个富贵人家的公子哥儿。这年青人面带稚气，也就十八、九岁的样子，但刚才所吟诗文却似饱经沧桑，隐隐还有些杀伐之气。
张謇觉得好奇，向那青年一拱手说道：“好诗，不知小哥刚才所吟是何人所作？”
这个青年正是林铄，此时远远望见刘公岛处却为英国人所占，往来兵舰都悬挂着大英帝国的圣乔治旗，不禁感慨北洋水师的结局，将前世自己参观甲午战争纪念馆时所作的一首小诗随口吟了出来，不想惊动了身旁两位。
林铄转过身来，不好意思地拱手笑了笑：“适才见到刘公岛内尽是洋人兵舰，不由想象当年北洋水师盛况，小子心生感慨，随口吟出，却是贻笑大方。”
张謇不由动容：“没想到老兄大才，在下南通张謇，不知小兄弟是哪位先生的门下高足！”
林铄眼中一亮，“原来是状元公，却是久仰大名！在下漳州林铄，却没有什么功名，蒙祖上荫德，现任栋军充任守备一职，只是个武人，班门弄斧，让两位耻笑了。”说罢重新与两人见礼。
三人又攀谈起来，林铄将台湾如何被割让，林家怎样离台内渡，原原本本叙述了一遍，林铄年纪虽小，却是见多识广，一席故事说得其他两人不胜感慨。又谈起当前时政来，林铄话虽不多，偶尔几句，却是正中时弊，让张謇大感可惜，此等人物若是留心制艺，必将是个经济良才，真想将其纳入门下。
后来转念一想，自己都绝了仕途之念，这世道一门心思读书有又有何用？何必再误人子弟，这才作罢。
三人直聊到晚饭时间这才各自散去。
一夜无话。
林铄倒是有意结交张謇等人，不过簧夜拜访，太过冒昧，大家又不是熟人，怕留下反感，也就没动这心思。
第二天早上，船已行至吴淞，林铄这才找到张謇两人，留下自己的住址，告诉他们自己在上海经商，如果大家有什么需要，尽管吩咐。
林铄此行是陪伯父林朝栋进京觐见皇上，没想到正遇上了戊戌政变，在京城耽搁了一个多月，这才得以启程返回江南，船到上海，林铄等林家子弟自回租界，而张元济则要安顿一家老小，张謇则径自回到南通。
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四、大通纱厂（）
南通长江边上的唐家闸，这里已经建成了一大片厂房，在大生纱厂的公事楼内，刚回到南通的张謇就遇到了困境。
掌管纱厂财务的银钱董蒋锡坤抱着工厂的帐目找到了张謇，“四先生，那�